Eine Kirche in Pertisau wurde im Jahre 1112 erwähnt, jedoch mit keinen genaueren Angaben.

Die heutige Pfarrkirche wurde un den Jahren 1966 bis 1968 nach den Plänen den weltbekannten Architekten Prof. Clemens Holzmeister erbaut. Gelungen ist die Verschmelzung des traditionellen alttiroler Stils mit mutigen, modernen Konstruktionsmöglichkeiten. Im inneren beherrscht ein aus weißem Marmor gefügter Volksaltar den Raum, der durch ein aus Glasmosaik gefertigtes und in der Apsis eingelassenes buntes Glasfenster mit dem "Agnus Die" in einem Rundmedaillon aus Bronze belebt wird.

Die Weihung der Glocke zu Ehren der Heiligen Petrus, Johannes, Hubertus und Maria erfolgte am 17. Juni 1973. Von ihrem Turm erklingt täglich um 12:00 und 18:00 Uhr das "Ave Maria".